การปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยของรัฐจากส่วนราชการไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐในประเทศไทยนั้น เริ่มมีการดำเนินการตั้งแต่ช่วงปี พ.ศ. 2533 เป็นต้น ซึ่งจะเห็นได้จากมีตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี พ.ศ. 2533 ซึ่งจัดตั้งมหาวิทยาลัยสุรนารี ให้เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐแห่งแรกในประเทศไทย และภายหลังวิกฤตการณ์ทางการเงินในเอเชียที่เกิดขึ้นในปี พ.ศ. 2540 หรือในประเทศไทยเรีกว่า “วิกฤตต้มยำกุ้ง” นั้น ทบวงมหาวิทยาลัยในขณะนั้นได้เล็งเห็นความสำคัญของมาตรการปรับขนาดกำลังคนภาครัฐและมาตรการควบคุมค่าใช้จ่ายด้านบุคคลภาครัฐ ที่กำหนดให้ส่วนราชการต่าง ๆ พิจารณาปรับลดบทบาท ภารกิจ และเพิ่มประสิทธิภาพในการปฏิบัติงานให้สูงขึ้น แต่โดยเหตุที่ลักษณะงานของมหาวิทยาลัยเป็นงานในเชิงวิชาการ บทบาทและภารกิจของมหาวิทยาลัยจึงมิอาจลดลงได้ ดังนั้น เพื่อให้มหาวิทยาลัยสามารถดำเนินการได้อย่างต่อเนื่อง และไม่มีผลกระทบกับมาตรการของรัฐบาลดังกล่าวข้างต้น ประกอบกับรัฐบาลในขณะนั้นต้องดำเนินการตามเงื่อนไขของโครงการเงินกู้ธนาคารพัฒนาเอเชีย (Asian Development Bank: ADB) ที่จะต้องเปลี่ยนแปลงระบบการบริหารมหาวิทยาลัยไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐบาลภายในปีงบระมาณ พ.ศ. 2545 โดยมีกรอบนโยบายที่ทบวงมหาวิทยาลัยต้องรับผิดชอบดำเนินการ 2 ประการสำคัญ คือ ประการแรก มหาวิทยาลัยจะได้รับมอบอำนาจการบริหารงบประมาณในส่วนงบดำเนินการที่มิใช่เงินเดือน ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2542 เป็นต้นไป โดยสร้างระบบการติดตามผลการปฏิบัติงาน เพื่อให้เกิดความเชื่อมั่นในเรื่องความสามารถในการตรวจสอบได้และความโปร่งใสในการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย และประการที่สอง มหาวิทยาลัยของรัฐทุกแห่งจะได้รับการพัฒนาเป็นมหาวิทยาลัยอิสระ (Autonomous University) หรือมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐบาลภายในปีงบประมาณ พ.ศ. 2545 โดยภายในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2541 จะมีมหาวิทยาลัยของรัฐอย่างน้อย 1 แห่ง ปรับสภาพไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ

ด้วยเหตุผลดังกล่าว ทบวงมหาวิทยาลัยจึงได้นำเสนอหลักการและแนวคิดในการปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยจากส่วนราชการไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ต่อคณะรัฐมนตรี[1] และคณะรัฐมนตรีได้ประชุมและลงมติเกี่ยวกับเรื่องนี้ในหลายโอกาสด้วยกัน ซึ่งมีมติที่สำคัญ ดังนี้

(1) คณะรัฐมนตรี ในการประชุมเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 มีมติเห็นชอบหลักการแผนปฏิบัติการในการดำเนินการปรับเปลี่ยนมหาวิทยาลัยจากส่วนราชการไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ตามที่ทบวงมหาวิทยาลัยเสนอ โดยคณะรัฐมนตรีมีข้อสังเกตว่า การสร้างระบบการจัดสรรงบประมาณเงินเดือนและสวัสดิการ ควรคำนึงถึงผลกระทบที่มีต่อคุณภาพการศึกษา สภาพสังคม และงบประมาณที่รัฐจะต้องสนับสนุนในระยะยาวด้วย

(2) คณะรัฐมนตรี ในการประชุมเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2542 มีมติอนุมัติในหลักการให้มหาวิทยาลัยของรัฐจ้างลูกจ้างในลักษณะการจ้างพิเศษที่มีวาระการจ้างที่กำหนดเวลาชัดเจนแทนการบรรจุราชการใหม่ เพื่อรองรับการปรับเปลี่ยนมหาวิทยาลัยจากส่วนราชการไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ[2]

(3) คณะรัฐมนตรี ในการประชุมเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2542 มีมติเห็นชอบในหลักการให้สำนักงบประมาณพิจารณาจัดสรรงบประมาณเพื่อเป็นค่าใช้จ่ายสำหรับการจ้างบุคคลตามสัญญาจ้าง โดยบุคลากรสายวิชาการ กำหนดอัตราเงินเดือนแรกบรรจุสำหรับข้าราชการพลเรือน บวกด้วยอัตราเพิ่มอีกร้อยละ 70 และบุคลากรสายสนับสนุนวิชาการ กำหนดอัตราเงินเดือนแรกบรรจุสำหรับข้าราชการพลเรือน บวกด้วยอัตราเพิ่มอีกร้อยละ 50 จนกว่ามหาวิทยาลัยหรือสถาบันอุดมศึกษาของรัฐจะปรับเปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยหรือสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ[3]

(4) คณะรัฐมนตรี ในการประชุมเมื่อวันที่ 14 มีนาคม 2543 มีมติเห็นชอบให้ทบวงมหาวิทยาลัยและรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี (นายอภิสิทธ์ เวชชาชีวะ) ติดตามประสานงานการดำเนินการเพื่อสนับสนุนการปรับเปลี่ยนสานภาพมหาวิทยาลัยของรัฐไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ แล้วรายงานความคืบหน้า ปัญหา อุปสรรคต่าง ๆ ให้คณะรัฐมนตรีทราบเป็นระยะ[4]

จากมติคณะรัฐมนตรีดังกล่าวมาข้างต้น จะเห็นได้ว่า คณะรัฐมนตรีมีแนวคิดและหลักการสำคัญในการปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยจากส่วนราชการไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ คือ ต้องการให้มหาวิทยาลัยมีอิสระในการบริหารจัดการองค์กรและพัฒนาความเป็นเลิศทางวิชาการ เกิดความคล่องตัวภายใต้การกำกับดูแลจากรัฐ และสามารถตอบสนองผู้เรียน และตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจและสังคมที่เกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว ทันต่อสถานการณ์ปัจจุบัน และในขณะเดียวกันก็ต้องการปรับเปลี่ยนสถานภาพของข้าราชการและลูกจ้างของส่วนราชการไปเป็นพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้างมหาวิทยาลัย โดยให้ได้รับเดือนเดือนหรือค่าจ้างรวมถึงสวัสดิการและสิทธิประโยชน์ต่าง ๆ สูงกว่าข้าราชการ เพื่อดึงดูดให้บุคคลที่มีความรู้ ความสามารถ และความเชี่ยวชาญเข้ามาเป็นอาจารย์ในมหาวิทยาลัย เพื่อให้เกิดการแข่งขันในการพัฒนาองค์ความรู้ทางวิชาการและกระจายการศึกษาระดับอุดมศึกษาให้ครอบคลุมทั่วประเทศ อันเป็นส่วนสำคัญในการพัฒนาประเทศทั้งในระยะสั้นและระยะยาว ซึ่งแนวคิดและหลักการดังกล่าว สอดคล้องกับหลักการอุดมศึกษาในระดับสากล ซึ่งจะเห็นได้จากที่ประชุมโลกว่าด้วยการอุดมศึกษาซึ่งจัดขึ้นที่กรุงปารีส เมื่อวันที่ 5-9 ตุลาคม 2541 ซึ่งจัดขึ้นโดย องค์การศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ (UNESCO) ได้พิจารณาและกำหนดภารกิจของอุดมศึกษาเอาไว้ ซึ่งสามารถสรุปได้ 4 ประการสำคัญ ได้แก่ (1) การสร้างความรู้ โดยการเผยแพร่องค์ความรู้ผ่านกระบวนการวิจัยและการสอน (2) การสร้างคน โดยการผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญในทักษะทางวิชาชีพ (3) การสร้างโอกาส โดยขยายโอกาสทางการศึกษาระดับสูงและการศึกษาตลอดชีวิต และ (4) การสร้างชาติ โดยการสร้างพลเมืองที่พร้อมจะเข้าไปมีส่วนร่วมอย่างเข้มแข็งในทางการเมือง สังคม เศรษฐกิจและวัฒนธรรม