การตรวจสอบภายในเกิดขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรีในคราวประชุมเมื่อวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2519 ตามข้อเสนอแนะของกระทรวงการคลังเพื่อให้หัวหน้าส่วนราชการได้ทราบผลการปฏิบัติงานของส่วนราชการที่รับผิดชอบว่าได้มีการปฎิบัติถูกต้อง ตาม กฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ  มตินโยบายหรือไม่เพียงไร หรือหากมีข้อบกพร่องในเรื่องใดก็จะได้หาทางแก้ไขได้ทันท่วงที มิให้เป็นช่องทางการหาประโยชน์ในทางมิชอบและเพื่อให้ระบบวิธีการบริหารงานต่างๆได้ถูกทบทวน และเสนอแนะแนวทางปรับปรุงให้เกิดประสิทธิภาพดีขึ้น
          เมื่อมีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีขึ้น  อธิการบดีในฐานะผู้บริหารได้มองเห็นความสำคัญในเรื่องนี้เช่นกัน  เมื่อยังไม่มีข้าราชการผู้ดำรงตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายในมาปฏิบัติราชการ  จึงได้แต่งตั้งข้าราชการในตำแหน่งอื่นให้ปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน 1 คน เมื่อปี พ.ศ. 2538 จึงได้มีการรับโอนข้าราชการจากหน่วยงานอื่นให้มาดำรงตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน เป็นครั้งแรก โดยมีภารกิจที่สำคัญ คือ การตรวจสอบและให้ข้อเสนอแนะในการปรับปรุง/พัฒนาการปฏิบัติงานของหน่วยรับตรวจต่าง ๆ ให้เป็นไปตามกฎ ระเบียบ และข้อบังคับของราชการกำหนด ปัจจุบัน สำนักงานตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี มีอัตรากำลัง 6 คน ประกอบด้วย นักตรวจสอบภายใน 5 คน และเจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไป 1 คน