แผนกลยุทธ์ หมายถึง แผนระยะยาวของหน่วยงาน โดยทั่วไปมักใช้เวลา5 ปี เป็นแผนที่กำหนดทิศทางการพัฒนา แผนกลยุทธ์ประกอบไปด้วยวิสัยทัศน์ พันธกิจ เป้าประสงค์วัตถุประสงค์ ผลการวิเคราะห์จุดแข็ง จุดอ่อน โอกาสและภัยคุกคาม กลยุทธ์ต่างๆ ของหน่วยงานควรคลอบคลุมทุกภารกิจ มีการกำหนดตัวบ่งชี้ความสำเร็จของแต่ละกลยุทธ์และค่าเป้าหมายของตัวบ่งชี้เพื่อวัดระดับความสำเร็จของการดำเนินงานตามกลยุทธ์  โดยหน่วยงานนำแผนกลยุทธ์มาจัดทำแผนดำเนินงานหรือแผนปฏิบัติการประจำปี

แผนปฏิบัติการประจำปี หมายถึง แผนระยะสั้นที่มีระยะเวลาในการดำเนินงานภายใน1 ปี เป็นแผนที่ถ่ายทอดแผนกลยุทธ์ลงสู่ภาคปฏิบัติ เพื่อให้เกิดการดำเนินงานจริงตามกลยุทธ์ ประกอบด้วย โครงการหรือกิจกรรมต่างๆ ที่จะต้องดำเนินการในปีนั้นๆ เพื่อให้บรรลุเป้าหมายตามแผนกลยุทธ์   ตัวบ่งชี้ความสำเร็จของโครงการหรือกิจกรรม ค่าเป้าหมายของตัวบ่งชี้เหล่านั้นรวมทั้งมีการระบุผู้รับผิดชอบหลักหรือหัวหน้าโครงการ งบประมาณในการดำเนินการรายละเอียดและทรัพยากรที่ต้องใช้ในการดำเนินโครงการที่ชัดเจน

ทั้งนี้ ทั้งสองแผนจำเป็นจะต้องมีความเชื่อมโยง สอดคล้องกัน